周志忍在2013年第3期《行政論壇》上撰文提出，需要更加關注 對機構(gòu)改革的改革 ，即對機構(gòu)改革設計和實施過程的系統(tǒng)反思和改進完善。當前，機構(gòu)改革的改革應認真思考幾個重大問題：第一，機構(gòu)改革在行政體制改革中的定位問題。多年來關注的重點是機構(gòu)改革，運作管理的科學化、精致化相對被置于次要地位。如何處理機構(gòu)改革和運作管理改革的關系，是新形勢下深化行政改革的一個重大議題，機構(gòu)改革與運作管理改革要雙管齊下、合理平衡。第二，機構(gòu)改革的推行方式問題。在大規(guī)模機構(gòu)撤并成為過去、國務院機構(gòu)相對穩(wěn)定已成基本共識的時候，過去階段性系統(tǒng)化的改革方式要相應轉(zhuǎn)變，要采取發(fā)達國家普遍實施的 因地制宜、小修小補，成熟一個、調(diào)整一個 的原則。第三，機構(gòu)改革的主體及其公共責任問題。歷次機構(gòu)改革的特征之一是決策權(quán)力集中和設計過程的相對封閉性。在部門立法的大環(huán)境下，改革成了政府部門的自我革命和部門之間閉門討價還價，公民和社會扮演著旁觀者和看客的角色。大規(guī)模機構(gòu)撤并具有政治敏感性，保持一定程度的權(quán)力集中和決策封閉有其必要性。但進入機構(gòu)相對穩(wěn)定時代之后，改革中的廣泛社會參與和過程公開透明就應該受到重視。第四，改革過程的科學化、精致化管理問題。包括改革目標的明晰化和具體化，改革路徑、路線圖、階段性標志的明確化，改革具體措施和目標之間因果關聯(lián)，改革進程的監(jiān)測和進展報告等。